Para las teoria atómica moderna se recuperan esas ideas filosóficas con surgimiento de la ciencia experimental en el siglo XVI , que acabaron desarrollándose en el siglo XX, encontrando entonces que:
- Hasta los últimos años del siglo XIX, el modelo aceptado del átomo se parecía a una bola de billar.
- En 1897, J.J. Thomson descubre el electrón cambiando la idea de indivisilidad del átomo por la imagen de un rompecabezas compuesto de partículas más pequeñas.
- En 1886 Eugen Golstein descubre que los átomos tienen cargas positivas.
- En 1911, Rutherford propuso una visión revolucionaria del átomo, sugiriendo que se parecía a un pequeño sistema solar con el núcleo cargado positivamente siempre en el centro y con los electrones girando alrededor del núcleo.
- En 1913, el físico danés Niels Bohr propuso una modificación a la teoría de la estructura atómica basada en un curioso fenómeno llamado la línea espectral, a partir de la cual supuso que los electrones tienen niveles de energía específicos.
- En 1932, James Chadwick descubrió un tercer tipo de partícula sub-átomica a la que llamó el neutrón.
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